日本不允许涂氟的原因主要有两方面考虑，如下：
首先，日本对有机氟化合物，特别是全氟和多氟烷基物质的环境和健康风险保持高度警惕。这些化合物在环境中难以降解，会在生物体内累积，长期接触或摄入可能对人体造成多种健康问题，如影响免疫系统、神经系统、生殖系统和甲状腺等。鉴于日本多地已检测出有机氟化合物含量超标，对此类化合物的使用采取了严格的措施。
其次，日本在儿童和公共卫生方面持有非常谨慎的态度。对于在儿童牙齿上涂氟的做法，日本和医疗机构担心过量的氟化物可能对儿童的健康造成潜在风险，特别是在儿童误吞氟化物后可能引发不良反应。因此，在没有充分证据证明涂氟对儿童完全安全之前，日本更倾向于采取保守的做法。
综上所述，日本不允许涂氟主要是出于对有机氟化合物环境和健康风险的担忧，以及对儿童安全的慎重考虑。